Мероприятия
Анализ крови, выявляющий эпигенетическую нестабильность, помогает обнаружить рак на ранней стадии.
Исследователи из Онкологического центра Киммела при Университете Джонса Хопкинса разработали новый метод жидкостной биопсии для выявления рака на ранних стадиях. Он основан на измерении случайных вариаций в паттернах метилирования ДНК, а не абсолютного уровня этих паттернов, как в других методах жидкостной биопсии. Этот метод, использующий новую метрику под названием «индекс эпигенетической нестабильности» (Epigenetic Instability Index, EII), с высокой точностью позволяет отличить пациентов с раком легких и молочной железы на ранней стадии от здоровых людей.
Томас Писаник, доцент кафедры онкологии в Институте нанобиотехнологий при Университете Джонса Хопкинса и соавтор исследования: «Мы предполагаем, что опухоли на ранней стадии и предраковые состояния, характеризующиеся высокой степенью вариативности метилирования или эпигенетической нестабильностью, могут быть более устойчивы к внутренним механизмам защиты от рака и развиваться быстрее».
Исследователи проанализировали общедоступные наборы данных о метилировании ДНК при раке, полученные из 2084 образцов, и выявили 269 специфических участков генома, известных как CpG-островки, которые в наибольшей степени подвержены вариативности метилирования ДНК при различных типах рака. Теперь эти участки можно использовать для разработки панелей биомаркеров.
Затем команда обучила модель машинного обучения отличать раковые сигналы от здоровых, а затем протестировала эту модель с помощью метода перекрёстной проверки. Полученный инструмент показал высокую точность при работе с различными типами рака. При аденокарциноме лёгкого EII дифференцировал рак 1А стадии с чувствительностью 81 % и специфичностью 95 %.
Кроме того, этот инструмент позволяет выявлять рак молочной железы на ранней стадии с чувствительностью около 68 % и специфичностью 95 %.
Ref: https://dx.doi.org/10.1158/1078-0432.ccr-25-3384
