Система работает на узлах, расположенных в облаке. Используются стандартные виртуальные машины. Для доступа к системе подходит любой актуальный браузер (Mozilla Firefox, Microsoft Edge, Google Chrome, Safari или другой). Пользователь должен быть зарегистрирован в системе администратором, после чего получает доступ к ней доступ через веб-интерфейс.

Подсистема управления доступом:

Отвечает за управление пользователями, авторизацию и аутентификацию, хранение и изменение списков прав доступа.

Подсистема анализа загруженных пользователями данных:

Позволяет загружать сырые данные, очищать их, проводить первичный контроль качества.

Система не предназначена для анализа результатов секвенирования образцов с содержанием опухолевых клеток менее 50% от общего содержания клеток в образце (от 20% - опция). Поэтому верификация содержания опухолевых клеток обязательна. Система не предназначена для анализа результатов секвенирования, не прошедших порог контроля качества в 2.5 млн прочтений, картированных на известные гены человека, имеющие уникальные идентификаторы HGNS.

Важно

ПО «Oncobox» является инструментом, повышающим качество работы врача-онколога и ускоряющим его работу. ПО «Oncobox» не определяет постановку диагноза и назначение терапии. Выявление и определение патологий, назначение терапии, а также постановка диагноза осуществляется ТОЛЬКО врачом. ПО «Oncobox» позволяет акцентировать внимание врача на некоторых признаках онкопатологий.

Программное обеспечение «Oncobox» является универсальным инструментом и оптимизировано для основных распространенных секвенирующих платформ 2-ого поколения (NGS: Illumina, MGI, BGI, GenoLab M, FASTASeq 300, Thermo Fisher). Интерфейс «Oncobox» специально разработан для удобства работы онкологических диагностических и исследовательских лабораторий. Возможно использование файлов стандартных форматов FASTQ и VCF.

Принцип действия ПО «Oncobox»:

исследование по широкомасштабному профилированию мутаций и экспрессии генов в образце опухоли, полученное на секвенаторе 2-го поколения, проходит первичную обработку на компьютере, который подключен к секвенатору. Процессированные генетические данные загружаются в облачное хранилище и направляются на обработку для формирования отчета по проведенному исследованию.

Программное обеспечение«Oncobox» содержит запатентованный принцип обработки данных и несколько специализированных подсистем:

• Базы данных для хранения: сигнальных путей, препаратов, данных по клиническим испытаниям, норм тканей
• Подсистема загрузки данных: для вычисления уровня активации молекулярных путей, оценки потенциальной эффективности препаратов, и так далее.
• Подсистема анализа данных позволяет загружать сырые данные, очищать их, проводить первичный контроль качества.
• Подсистема формирования отчетов управляет сборкой результатов анализов в единый отчет.

Пользователь в личном кабинете просматривает результаты через графический интерфейс и может скачать отчет в pdf.

Просмотр отчета возможен в двух вариантах:

• В интерактивном виде содержит персонализированный рейтинг таргетных противоопухолевых препаратов, уровни активации молекулярных путей и индивидуальных генов в образце опухоли данного пациента для углубленного исследования результатов и осуществить визуализацию молекулярных путей и уровней их активности с точностью до каждого отдельного узла молекулярного пути
• Комбинированный отчет по всем результатам секвенирования: все типы данных и результаты анализов с подробным пояснением

С учетом данных, представленных в отчете врач подбирает тактику лечения индивидуального пациента, от которого был получен образец опухоли. СКАЧАТЬ ПРИМЕР ОТЧЕТА